تمثل البحيرات والأراضي الرطبة في المنطقة الساحلية من الدلتــا، المطلة على البحر المتوسط، نظاماً بيئياً مهماً للطيور المائية المهاجرة والمشتية، على وجه الخصوص. أول هذه البحيرات، ( مريوط )، التي تقع إلى الجنوب من مدينة الإسكندرية، عند مستوى مترين وثمانية أعشار المتر، تحت سطح البحر، وليس لها اتصال مباشر بالبحر المتوسط؛ وتدخلها مياه الصرف الزراعي من عدة مصارف، فيرتفع مستوى سطح البحيرة، فيتم التخلص من المياه الزائدة بضخها إلى البحر. وفي غرب البحيرة، يوجد مستنقع ملحي كبير، كان جزءاً منها، وانفصل عنها عند إنشاء خط سكة حديد، في عام 1858.
يلي ( مريوط )، إلى الشرق، بحيرة ( إدكو )، التي يغطي شاطئها الشمالي كثبان رملية، يتخللها موقع وحيـد خالٍ من هذه الكثبان، هو الفتحة التي تصل بين البحيرة والبحر المتوسط. ولميــاه هذه البحيرة درجة ملوحة مرتفعة نسبياً، وإن كانت الملوحة تقل في الناحية الجنوبية منها، حيث تصب فيها مياه الصرف الزراعي، فتكون المياه ( شَـــروباً ). وبالبحيرة عدد من الجزر الصغيرة؛ كما تكون مستنقعٌ واسعٌ في المنطقة التي تدخل منها مياه المصارف الزراعية إلى البحيرة.
أما بحيرة ( البرلُّــس )، فهي إلى الشرق من فرع رشيد، ومياهها ضحلة جداً، إذ يتراوح العمق فيها بين سبعين سنتيمتراً ومترٍ واحد؛ ولشكلها استطالة؛ والجانب الشرقي منها هو الأكثر ضحالة، ويتناثر في أنحائه حوالي 50 جزيرة صغيرة. ويفصل البحيرة عن البحر المتوسط حاجز رملي يتراوح اتساعه بين عدة مئات من الأمتار، شرقاً، إلى حوالي خمسة كيلومترات، في طرفه الغربي. ولا يربط البحيرة بالبحر إلا فتحة واحدة، تقع عند الركن الشمالي الشرقي منها، وعندها يكون للمياه أعلى درجة ملوحة؛ وتقل الملوحة بالتدريج في الاتجاه جنوباً؛ ويكون الماء عذباً قرب القنوات والمصارف التي تصب في البحيرة. وفي جنوب البحيرة، أيضاً، حيث توجد ( الملاحات )، يجري إنتاج الملح، وأعمال الاستزراع السمكي.
وإلى الشرق من مدينة دمياط، تقع بحيرة ( المنزلة )، أكبر بحيرات الدلتا، وأكثرها اتصالاً بالبحر، والتي تبلغ الملوحة فيها أقصى ارتفاع في الجانب الشمالي الغربي، وتقل لأدنى حـدٍّ حيث تستقبل مياه الصرف، في الجنوب والشرق؛ ويحتفظ بقية مسطح البحيرة بمياه وسط في ملوحتها، أو ( شَــروب ). ويزيد عدد الجزر المتناثرة في أرجاء هذه البحيرة عن الألف؛ كما يشغل نشاط الاستزراع السمكي مساحات كبيرة، في جهة الشمال الغربي من البحيرة.
أما أكثر البحيرات ضحالةً، فهي ( ملاحة بور فؤاد )، إذ لا يتجاوز عمقها 20 سم، وقاعها طيني ناعم، ولا يصلها ماء النيل، بل هي متصلة بالبحر؛ وحولها مساحات مترامية من السبخة.
وتمثل بحيرة ( البردويل ) أحد الملامح الهامة في الساحل الشمالي لسيناء، وتشغل نسبة كبيرة من طوله؛ ومياهها عالية الملوحة، ويفصلها عن البحر حاجز رملي قليل الارتفاع، أقصى اتساع له كيلومتر واحد، وأقل اتساع مائة متر؛ وفي أغلب الأحيان، يطغي عليه البحر فتغطيه مياهه. وبحيرة البردويل ضحلة نسبياً، فعمقها بين نصف المتر وثلاثة أمتار، وقاعها رملي، تغطيه بقع من (حشائش الخندق) ، أو ( الحِنــزلاد، أو الحامول )؛ كما أن بها عدداً من الجزر. وللبحيرة أهمية خاصة، إذ يصل إنتاجها السمكي إلى 2500 طن في السنة؛ ومعظمه من الأسماك عالية القيمة الاقتصادية، مثل أسماك العائلة المرجانية والبوريات. ويقطن في البحيرة أعداد ضخمة من طائري ( الخطاف الصغير، أو دغبز )، و ( القطقاط أبو الرؤوس )؛ وتجمعاتهما كبيرة، مقارنةً بالمتواجد منهما بالعالم.
ويحتوي معظم هذه البحيرات على مساحات كبيرة من المستنقعات، التي تنتشر بها أقصاب ( البردي )، و ( الحجازي، أو المطيط )، ومساحات أخرى من نباتات ملحية؛ وينتشر ببحيرة المنزلة عدد من أنواع النباتات المائية المغمورة، مثل ( الحامول )، و ( ذيل الفرس، أو شعر الحصان، أو العلاق ). كما أنها – البحيرات – المقر الشتوي للآلاف من الطيور؛ وبينها عدد من أنواع النورس، أهمها ( النورس الصغير )، و ( النورس أسود الرأس )؛ بالإضافة إلى طائر ( البشاروش، أو النحام )، وطائر ( غراب البحر، أو أبو غطَّاس ). وتعد بحيرة المنزلة أهم ملاذ شتوي في الأراضي الرطبة بمصر، تلجأ إليه الطيور المائية؛ كما أنها أحد أهم المواقع في ال palearctic الغربي (؟) المفضَّل لدى بعض أنواع الطيور المائية لتتكاثر فيه.
ومن البرمائيات، يعيش في المياه شبه المالحة ( الضفدع الأخضر )، وفي المياه العذبة ( ضفدع قصاص )، وهو يحمل، في شق من اسمه العلمي، اسم عالم البيئة المصري الكبير، الدكتور محمد عبد الفتاح القصاص. ومن ثعابين المياه العذبة في هذه البحيرات، ( ثعبان الماء )، ويعيش في المستنقعات؛ ومن السحالي ( السحلية الجرَّاية المخططة )، التي تعيش حول مستنقعات المياه العذبة والمياه شبه المالحة. ويستوطن ( قط المستنقعات ) المستنقعات ذات التجمعات الكثيفة من أقصاب البردي والمطيط، كما يتواجد بين النباتات الشاطئية، وفي بعض الجزر.
